凡事皆有利弊，隔代教养除了有上述好处以外，也存在一些弊端。
首先，对于很多老年人而言，他们在隔代教养过程中往往“重养”而“轻育”。作为孩子的祖父母，很多老人在教养小孩的过程中会将更多精力集中在小孩身体健康上，而比较忽视小孩心理品质、人格特质、社会性等方面的开发和培养。在他们看来，将孙子孙女养得健健康康是带好小孩的第一步，也是最关键的环节。而落实到“育”的层面，他们更多则是用经验取代科学，有些老人甚至用“你就是我们这么带过来的，现在不是挺好吗”等来反驳子女对于其育儿方式的质疑。
其次，隔代教养会影响亲子关系的形成和发展。无论是纯粹意义上的隔代教养还是共同教养，由于小孩的很多时间都是由老人陪伴度过，久而久之，小孩与其父母之间的亲子关系会逐渐变淡，小孩也很难形成安全的亲子依恋。心理学家安斯沃思(M.A in sworth）设计的“陌生情境”实验发现，小孩的依恋通常有三种类型：安全依恋型，焦虑一回避型和焦虑一抗拒型。
